La loi n°2006-1772 du 30 décembre 2006 sur l'eau et les milieux aquatiques (LEMA) est la principale loi française de gestion de l'eau depuis les lois sur l'eau de 1964 et 1992. Elle transpose en droit national les objectifs de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE, 2000/60/CE) et structure les obligations des porteurs de projets en milieu aquatique.
Objectif central : le bon état écologique
La DCE fixe un objectif de bon état écologique des masses d'eau à l'horizon 2027 (avec dérogations possibles jusqu'en 2033). Le bon état est défini par deux composantes :
- Bon état chimique : respect des normes de concentration pour les substances prioritaires (métaux lourds, pesticides, HAP, etc.) ;
- Bon état écologique : qualité biologique (indice poissons, macro-invertébrés, diatomées), qualité hydromorphologique (berges, lit, régime hydrologique) et qualité physico-chimique.
Les Schémas Directeurs d'Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) déclinent ces objectifs au niveau des grands bassins hydrographiques. Chaque SDAGE est opposable aux décisions administratives et aux documents d'urbanisme.
La continuité écologique
L'article L.214-17 du Code de l'environnement, issu de la LEMA, introduit le classement des cours d'eau en deux listes :
- Liste 1 : cours d'eau à très haute valeur patrimoniale où aucune nouvelle autorisation de construction de barrage ou d'ouvrage faisant obstacle à la continuité écologique ne peut être accordée ;
- Liste 2 : cours d'eau sur lesquels les ouvrages existants doivent être gérés, entretenus et équipés pour permettre le libre passage des poissons migrateurs et le transit des sédiments, dans un délai de 5 ans après la publication de la liste.
La continuité écologique comprend :
- La libre circulation des poissons (saumons, anguilles, lamproies, truites, etc.) entre zones de frayères, zones d'alimentation et zones de vie ;
- Le transport suffisant des sédiments permettant l'entretien morphologique du lit ;
- Le fonctionnement normal des écosystèmes aquatiques et riverains.
Les chantiers de rétablissement de la continuité
L'effacement ou l'aménagement des ouvrages faisant obstacle à la continuité (moulins, seuils, barrages) est l'un des principaux axes de travail du génie écologique en milieu aquatique. Ces chantiers sont encadrés par :
- L'autorisation loi sur l'eau (art. L.214-1 et R.214-1) pour toute intervention sur le lit ou les berges d'un cours d'eau ;
- La réglementation sur les espèces protégées : les interventions en cours d'eau peuvent affecter les frayères et les habitats de l'anguille (Anguilla anguilla, espèce protégée par règlement CE n°1100/2007) et de nombreuses espèces de poissons migrateurs ;
- La coordination avec les services de police de l'eau (DDT/M, OFB) : un correspondant territorial doit être associé dès la phase de conception.
Obligations pratiques pour les chantiers en cours d'eau
- Autorisation préalable obligatoire : tout travail dans le lit d'un cours d'eau non domanial nécessite une déclaration ou autorisation au titre de la rubrique 3.1.2.0 de la nomenclature eau (franchissement de cours d'eau, consolidation de berge).
- Respect des périodes piscicoles : les travaux en cours d'eau sont généralement interdits entre le 1er novembre et le 31 mars pour protéger les frayères (décision à préciser selon l'espèce et la DREAL compétente).
- Pêche électrique de sauvetage avant mise à sec d'un tronçon : réalisée sous maîtrise d'œuvre de la fédération de pêche ou de l'OFB.
- Gestion des matières en suspension (MES) : bâchage des zones de travail, batardeaux, bassins de décantation pour éviter la turbidité excessive.
- Plan de surveillance : mesures de la qualité de l'eau en amont et en aval du chantier pendant toute la durée des travaux.
Les aides financières
La restauration de la continuité écologique peut être financée par les Agences de l'Eau dans le cadre de leurs programmes pluriannuels (11e programme 2019-2024, reconduire dans le 12e programme). Les taux de subvention peuvent atteindre 70-80% pour les effacements d'ouvrages sur cours d'eau de liste 2.